Sejarah berdirinya BNN Kota Palangka Raya adalah pada Tahun 2013 dimana Pemerintah Kota Palangka Raya berkomitmen untuk lebih memperbesar fungsi BNK Palangka Raya yang di Ketuai oleh Wakil Walikota Palangka Raya saat itu menjadi unit vertikal langsung di bawah Badan Narkotika Nasional Republik Indonesia. Hampir bersamaan dengan dibentuknya BNN Provinsi Kalimantan Tengah, BNN Kota Palangka Raya mendapatkan hibah tanah dan bangunan ex Disbudpar Kota Palangka Raya dari Pemerintah Kota Palangka Raya di Jl. Tangkasiang, Kelurahan Palangka Kecamatan Jekan Raya. Selanjutnya pada 2014 BNN Kota Palangka Raya resmi menjadi Satuan Kerja vertikal yang awal mula berdiri terdiri dari 6 orang pegawai yang diperbantukan dari Pemerintah Kota Palangka Raya. Hingga saat ini, tahun 2025, BNN Kota Palangka Raya terdiri dari 14 orang ASN dan 4 orang penugasan POLRI serta PPNPN sebanyak 13 orang.